میرزا ملکمخان ناظمالدوله، نخستین انجمن نوین سیاسی اجتماعی ایران را در سال ۱۲۷۵ یا ۱۲۷۶ قمری بنیان نهاد و آن را فراموشخانه نامید. ریاست افتخاری انجمن که خود با اجازهٔ ناصرالدینشاه تأسیس شده بود، با شاه بود و اعضای آن از قشرهای متفاوتی بودند؛ مثلاً هم دانشآموختگان دارالفنون از طبقهٔ متوسط شهری بودند و هم کسانی چون شاهزاده جلالالدین میرزا. حتی سید صادق طباطبایی از ملایان خوشفکر و پیشرو که بعدها پسرش، شیخ سید محمد طباطبایی، از رهبران مشروطه شد به این انجمن پیوست. گرچه تشکیلات و سازماندهی داخلی فراموشخانه مقتبس از آنِ لژهای فراماسونری در اروپا بود، فراموشخانهٔ ملکم هیچ ارتباطی با محافل فراماسونریِ اروپا نمیداشت.[۴]
مرام این انجمن ریشه در آموختههای ملکم از آموزههای سیاسی-اجتماعی اروپای قرن نوزدهم خصوصاً آنِ انقلاب فرانسه داشت: آموزههایی چون لیبرالیسم و اومانیسم .وانگهی هدف ملکم از تأسیس چنین سازمانی تربیت طبقهای از روشنفکران برای خدمت اجتماعی بود، تا فرایند نوسازی سیاسی را به یاری ایشان پیش ببرد. علیرغم تمهیدات ملکم در برنیانگیختن مخالفت صاحبنفوذان، از جمله برگزیدن شاه به ریاست افتخاری انجمن، موج مخالفت خیلی سریع برخاست. از جملهٔ مخالفان قشر سنتی و محافظهکار ملایان بود.[۵]
این انجمن نخست با اجازه ناصرالدین شاه و به شرط اینکه مخالف مصلاح شاه و مملکت نباشد در دوران زمامداری میرزا آقاخان صداعظم که از مدافعان فراماسونری بود تاسیس شد و در این دوران رونق بسیار داشت ولی بعد از برکناری میرزا آقاخان ناصرالدین شاه بنابر گزارشهایی که از انجمن داشت ادامه فعالیتها آن را به مطابق مصالح سلطنت ندانست و دستور تعطیلی آن را صادر کرد و میرزا ملکم خان نیز دستگیر و به عراق تبعید شد [۶].
در آغاز؛ بسیاری از روشنفکران دورهٔ قاجار، سازمان فراماسونری را به عنوان یک سازمان نوگرا، انقلابی و آزادیخواه میشناختند که آرمانی جز مبارزه با استبداد و برپایی مردمسالاری و بیداری ملتها ندارد. از جمله عوامل مهمی که موجب گرایش و جذب روشنفکران این دوره به سازمانهای فراماسونری، به ویژه، لژ فرانسوی آن میشد، نقش مهم اعضای آن سازمان در انقلاب کبیر فرانسه بود؛ و از آنجا که انقلاب فرانسه سرمشقی ارزنده برای انقلابیون و روشنفکران ایران میبود، ایشان تشکیل فراموشخانه و پیوستن به سازمانهای فراماسونی را وسیلهای برای ایجاد تحول، دگرگونی و انقلاب در ایران میپنداشتند.[۷]
از دیگر فراماسونهای مشهور این دوران میتوان به سید جمالالدین اسدآبادی اشاره کرد که با نامهای مختلف در ۱۰ لژ فراماسونری در ایران، مصر و اروپا فعالیت داشتهاست[۸].